Станислав Провачек родился 12 ноября 1875 в городке Йиндржихув-Градец. В гимназии Провачек был средним учеником, а порой даже и слабым. Из-за плохой успеваемости в пятом классе он остался на второй год. Тем не менее, он поступил в Пражский немецкий университет и начал изучать зоологию и ботанику, а окончил высшее образование в Вене.

К моменту получения диплома доктора философии по инфузориям Провачек уже был автором нескольких работ, напечатанных в специальных журналах. Автор сразу же заявил о себе как о талантливом протозоологе, и профессор Пауль Эрлих предложил ему место ассистента в Институте экспериментальной терапии во Франкфурте-на-Майне. Затем Провачек работал в Медицинском институте в Берлине, в Институте корабельных и тропических болезней в Гамбурге. В это время он совершил свою первую заморскую поездку на остроы Ява для изучения сифилиса, трахомы и натуральной оспы.

Научное наследие Станислава Провачека насчитывает 209 публикаций. Он открыл возбудителей трахомы и сыпного тифа.

Последним местом работы Станислава Провачека была лагерная больнице в Хотебузе, где среди русских пленных вспыхнула эпидемия сыпного тифа. Через месяц после прибытия в лагерь Провачек заметил у себя первые признаки сыпного тифа. Его врачом, санитаром и единственным связующим звеном с миром был бразильский сподвижник доктор Роха Лима, которому выпала прискорбная обязанность сообщить родителям, друзьям и всему научному миру, что, несмотря на заботливый уход и твердое желание превозмочь болезнь, Станислав Провачек скончался 17 февраля 1915 года.