Роджерс родился в районе городка Хэвр-де-Грейс (Havre de Grace) в штате Мэриленд в семье Джона Роджерса, коммодора военно-морского флота. Коммодор – высокое звание, это почти адмирал. Так что флотская карьера Джона Роджерса-младшего во многом была предопределена. Он начал службу в американском флоте в 16 лет.

Джон Роджерс, получив звание мичмана, сначала служил в Средиземном море на борту корабля «Constellation» («Созвездие»), а затем «Concord» («Согласие»). В конце 1830-х – начале 1840-х годов Роджерс воевал у берегов Флориды, где  он руководил операциями морских пехотинцев в ходе войны с Испанией, в результате которой к США отошла Флорида. В середине 1850-х годов возглавил Северо-Тихоокеанскую исследовательскую и геодезическую экспедицию, действовавшую у северо-восточного побережья США. В 1855 году Дж. Роджерс получил звание коммондора, женился и переехал в столицу, где начал работать в Управлении военно-морского флота. в японском отделе. Когда началась Гражданская война, Роджерс воевал на стороне северян.

После окончания войны коммодор Джон Роджерс стал командующим военно-морской базой, которая находилась в Бостоне. В декабре 1869 года после того, как он получил звание контр-адмирала, Роджерс стал командующим Азиатской эскадрой, которая в 1871 году совершила экспедицию в Корею. После возвращения в США, стал командующим на военно-морской базе в Калифорнии на острове Мэйр, а затем директором обсерватории Военно-морского флота США. Контр-адмирал Роджерс скончался в Вашингтоне, округ Колумбия 5 мая 1882 года.