Марсель Пруст родился 10 июля 1871 года в южном районе Парижа Отей (Auteuil), в доме своего двоюродного деда перед самым окончанием франко-прусской войны. Отец Марселя, Адриан Пруст, был известным эпидемиологом, автором многих книг по медицине и гигиене. Мать, Жанна Вейль, была еврейкой, дочерью успешного биржевого маклера. Она была образованной и начитанной женщиной, ее письма свидетельствуют о незаурядном чувстве юмора. У Марселя был младший брат, на два года младше.

В возрасте девяти лет Пруст заболел астмой. В детстве он проводил свои каникулы в деревне Илье, и именно это село, с некоторыми элементами дома деда в районе Отей, стало прообразом городка Комбре, где происходят основные события эпопеи «В поисках утраченного времени». Интересно, что в 1971 году, в связи со столетним юбилеем Пруста, Илье переименовали в Илье-Комбре.

Литературная деятельность Марселя началась в лицее Кондорсе, в который он поступил в 1882 году сразу в пятый класс. Пруст опубликовал свои первые тексты в журнале «Вестник лила» (La Revue Lilas), издававшийся учениками лицея Кондорсе. По свидетельству самого Пруста ранние тексты, вошедшие в первый сборник «Дни и радости», были написаны им в возрасте 14 лет. Почти все тексты из этого сборника сначала были опубликованы в журналах «Пир» (Le Banquet) и «Вестник бланш» (La Revue Blanche). По окончании лицея в 1889 году Пруст в 1890 году поступил на юридический факультет Сорбонны, но курса не окончил. 

Обучаясь в университете, Пруст стал завсегдатаем некоторых престижных парижских салонов. 

Несмотря на слабое здоровье, Пруст год прослужил во французской армии (1889-1890), и этот эпизод нашел свое отражение в романе «У Германтов». В молодости Пруст получил репутацию сноба и дилетанта, из-за чего у него были определенные проблемы с публикацией первой части романа в 1913 году.

У Марселя сложились теплые отношения с матерью. Для того, чтобы успокоить отца, который настаивал на том, чтобы Марсель шел работать, летом 1896 году он устроился в библиотеку Мазарини, однако сразу ушел на больничный, который длился несколько лет, после чего его освободили. Он не проработал на этой работе ни одного дня и не переезжал из дома родителей до самой их смерти.

В феврале 1903 брат Марселя Пруста, Робер, женился и уехал из родительского дома. Отец семейства умер в сентябре того же года. Наконец, в сентября 1905 года году умерла и мать, которую Марсель очень любил, и которая оставила ему большое наследство (примерно шесть миллионов долларов в пересчете на нынешние деньги, что составляет месячный доход в 15 000 долларов). Все это время состояние его здоровья постоянно ухудшалось.

Примерно в 1909 году он начал работу над основным своим произведением, «В поисках утраченного времени». С 1907 по 1919 годы Пруст жил в квартире, унаследованной от родителей на бульваре Осман, 102, где и писал свой роман-эпопею. В сентября 1913 года вышел первый роман эпопеи «По направлению к Свану». Роман был холодно встречен читателями и критиками.

Второй роман Пруста «Под сенью девушек в цвету» принес ему славу и был удостоен премии братьев Гонкуров за 1919 год. После Гонкуровской премии Пруст еще больше углубился в написание и совершенствования своего романа-эпопеи. 1921 Пруст публикует роман «У Германтов», в 1922 году - роман «Содом и Гоморра». Другие части романа-эпопеи появились уже после смерти автора. Большую работу по редактированию рукописей Марселя Пруста провел его брат Робер.

Последние три года своей жизни Пруст через тяжелой формой астмы почти не выходил из своей спальни, он спал днем ​​и работал ночью. Марсель Пруст умер 18 ноября 1922 по вычиткой одной из частей романа. Похоронен в Париже на кладбище Пер-Лашез.