Хуго Юнкерс был третьим из семи сыновей в семье Генриха и Луизы Юнкерс. Отец семейства владел небольшой текстильной компанией, так что семья была достаточно обеспеченной. Мать Хуго умерла, когда ему было десять лет. В 1873 году его отец снова женился.

В 1867 году Хуго пошел в начальную школу, в 1874 году окончил её  и в следующем году поступил в ремесленное училище в городе Бармен, которое окончил в 1878 году.

Хуго Юнкерс заложил фундамент фирмы «Бош Термотехника», основав в 1895 году в городе Дессау фирму «Junkers & Co.» по производству газовых приборов (с 1992 года в Дессау существует технический музей Хуго Юнкерса).

Хуго Юнкерс стал профессором Ахенской высшей технической школы и получил патент на калорифер — прообраз современной газовой колонки. В 1895 году основал фабрику по производству газовых приборов в Дессау. К 1904 году фабрика выпускает уже 19 моделей приборов. К водонагревателям добавились охладители, а также вентиляционное оборудование.

Хуго Юнкерс получает патенты на различные способы обработки листового металла. В 1911 году Хуго Юнкерс становится лидером по количеству официально зарегистрированных патентов.

В 1915 году появляется первый цельнометаллический самолёт разработки Юнкерса. Дальнейшие разработки моделей самолетов идут в направлении создания универсального самолета для перевозки грузов и пассажиров — воплощения мечты Юнкерса о том, что гражданская авиация позволит людям быстрее преодолевать расстояния, что улучшит контакты между нациями и снизит напряженность в мире. В 1925 году предприятие Junkers в союзе с компанией Deutsche Aero Lloyd организовало фирму Lufthansa.