Нидерландский ботаник, сын историка Исаака Коммелина. Ян стал профессором ботаники, в то время, когда в Нидерланды были завезены многие растения из Капской провинции и с острова Цейлон. Вследствие этого было необходимо изменить принятую систематику растений. Руководил обустройством нового ботанического сада в Амстердаме Hortus Medicus, позже ставшего Hortus Botanicus. Источником заработка Коммелина была продажа лекарственных трав и собственно лекарств аптекарям и больницам в Амстердаме и других голландских городах.
Его племянник Каспар Коммелин (1667-1734) впоследствии стал директором амстердамского ботанического сада. В честь Яна и Каспара Коммелинов был назван род растений коммелина
Род однодольных цветковых растений, однолетних и многолетних трав семейства Коммелиновые (Commelinaceae), включающий около 200 видов, распространённых в Евразии, Африке, Северной и Южной Америке. Научное название роду дал в 1703 году французский ботаник Шарль Плюмье в честь Яна Коммелина (1629—1692), одного из основателей знаменитого ботанического сада Hortus Botanicus Amsterdam, и его племянника Каспара Коммелина, (1667—1731), с 1696 года ставшего директором этого сада