Родился в немецком городе Зуль (Suhl), который издавна считался «городом оружейников». Его отец Луис Шмайссер был одним из самых известных конструкторов оружия Европы. Во время Первой мировой войны Хуго Шмайссер работал в Зуле над производством пулемётов. В 1917 — 1918 годах разработал автомат MP-18, позволяющий вести автоматический огонь на расстояние до 200 метров. Этот автомат  был основным вооружением боевых групп, которые прорвали фронт в марте 1918 года. 

В 1919 году Хуго Шмайссер вместе с братом Хансом основывает  в Зуле собственную компанию и работает над пистолетом-пулемётом, хотя производство автоматического оружия в Германии было запрещено условиями Версальского договора. В том же году произошёл первый контакт братьев Шмайссеров с фирмой «C. G. Haenel», с которой они продолжали сотрудничать последующие 20 лет.

В 1928 году Хуго Шмайссер разработал пистолет-пулемёт  MP28, магазин которого вмещал 32 патрона и подсоединялся сбоку. Это оружие поступало на вооружение немецкой полиции.

После прихода к власти Гитлера, в 1934 году у компании «Хенель» появились крупные правительственные заказы. Кроме официальных зарплат, братья Шмайссеры получают долю в прибыли и отчисления за использование патентов.

В 1938 году под руководством Хуго Шмайссера на фирме «Хэнель» начинается разработка автоматического оружия под промежуточный патрон 7,92x33 Kurz под маркой Mkb-42(H). После существенных доработок это оружие принимается на вооружение и запускается в производство в 1944 году под маркой Sturmgewehr 44

3 апреля 1945 года американские войска занимают город Зуль. Хуго  Шмайссер в принудительном порядке был вывезен в Советский Союз, где с большой группой конструкторов работал в Ижевске, одном из центров советской оружейной индустрии.

Летом 1952 года Хуго Шмайссер со своей группой вернулся в Германию (ГДР). 12 сентября 1953 года он умер после операции в городской больнице Эрфурта и похоронен в Зуле.