Родился в Праге 17 декабря 1619. В 1620, вскоре после начала Тридцатилетней войны, Фридрих потерпел поражение при Белой Горе, дальнейшие кампании также складывались для него неудачно, и в 1622 он и вся его семья были вынуждены искать убежища в Голландской республике. В 1635 Руперт поступил в лейб-гвардию принца Оранского, а в 1636 посетил в Англии своего дядю Карла I, произведя на него самое благоприятное впечатление. В 1638 принял участие в Тридцатилетней войне, однако попал в плен и три года провел в Австрии. После освобождения Руперт отправился в Англию, когда в 1642 началась гражданская война, присоединился к Карлу I, который назначил его командующим кавалерией и наделил широчайшими полномочиями. В сражениях Руперт обнаруживал самозабвенную отвагу, однако его излишняя пылкость и самоуверенность явились основными причинами того, что битва при Эджхилле (1642) имела сомнительный исход, а при Марстон-Муре (1644) и Нейсби (1645, здесь Руперт был уже главнокомандующим) роялисты потерпели сокрушительные поражения. Высокомерие Руперта навлекло на него враждебность английской знати, однако он все же достиг ряда заметных успехов, разбив Гемпдена при Чалгроув-Филде (1643, сам Гемпден был здесь смертельно ранен), взяв Бристоль (1643) и сняв осаду с Ньюарка и Йорка (1644). В 1644 Карл назначил Руперта главнокомандующим, однако сместил его в 1645, после сдачи Бристоля.

В 1646–1648 Руперт возглавлял английские части в составе французской армии. В 1649 его с флотом в 8 кораблей отрядили на оказание помощи роялистам в Ирландии, однако флот парламента под командованием Р.Блейка оттеснил Руперта на юг, к Лиссабону (1650), а затем в Средиземное море, где Руперт нанес большой урон купцам новой Английской республики. Заново снарядив флот, он в 1651 крейсировал возле Азорских островов, а год спустя в Вест-Индии, где потерял несколько кораблей. В 1654–1660 Руперт находился в Германии, но после Реставрации в 1660 вернулся в Англию. Назначенный адмиралом Белой эскадры, он внес весомый вклад в победу над голландцами в 1665 при Соулбее, а в 1666 совместно с Дж.Монком добился успеха в других военно-морских операциях. В 3-й англо-голландской войне Руперт командовал совместным англо-французским флотом. Руперт – один из основателей Компании Гудзонова залива и первый ее управляющий. Кроме того, он был талантливым изобретателем, а также превосходным гравером, внедрившим в Англии технику меццо-тинто. Умер Руперт в Лондоне 29 ноября 1682.