Изучал историю, германистику и классическую филологию в Бонне. Защитив докторскую диссертацию о Софокле, первоначально отправился в Геную, где получил место домашнего учителя. Работал учителем, проректором и директором в ряде немецких гимназий: в Зёсте (1859—1869), Шлайце (1859—1876), Бад-Херсфельде (1876—1905). В 1861 году женился на Аделине Дуден (в девичестве Якоб). В 1905 году вышел на пенсию и поселился в Зонненберге.

Всю жизнь занимался проблемами унификации и стандартизации немецкой орфографии. В 1880 году опубликовал «Полный орфографический словарь немецкого языка» (нем. Vollständiges Orthographisches Wörterbuch der deutschen Sprache), который заложил основы единой немецкой орфографии. В настоящее время словарь Дудена, выдержавший 23 издания, является самым популярным словарём в немецкоговорящих странах. Дуден был сторонником реформ в орфографии, однако он не включил в свой словарь некоторые свои радикальные идеи, полагая, что для Германии в то время более важной была задача стандартизации написания. Словарь Дудена, основанный на прусских правилах правописания, внёс огромный вклад в решение этой задачи.

В настоящее время в Бад-Херсфельде находится музей Конрада Дудена.