Дата рождения точно не установлена, но известно, что он родился в Саксонии в семье лютеранского священника Иоганна Георга Гербера (Johann George Gerber) и Сидонии Гербер (Sidonia Gerber), урождённой Пфайффер (Pfeiffer). Отец Трауготта Гербера умер за четыре месяца до рождения сына; крещение состоялось 16 января 1710 года. О молодых годах известно крайне мало.

29 апреля 1730 года Трауготт Гербер был зачислен в Лейпцигский университет. 26 июня 1735 года он обратился на медицинский факультет за докторским дипломом. Через месяц, 29 июля 1735 года Гербер представил к защите диссертацию «De Thoracibus» и получил степень доктора медицины.

В том же году по протекции личного врача императрицы Анны Иоанновны Гербер получил место директора Аптекарского огорода в Москве — ботанического сада для выращивания лекарственных растений, основанного ещё Петром I в 1706 году. Эту должность он занимал с 1735 по 1742 год.

В 1739—1741 годах Гербер предпринял несколько поездок по России (в основном, по Волге) для сбора растений. Его ботанические рукописи по флоре России (Flora Wolgensis, Flora Samarcensis Tatarica и Flora Moscuensis) распространялись в списках и были известны ботаникам-современникам, в том числе Карлу Линнею.

В 1738—1739 годах — преподаватель анатомии и хирургии в Московской госпитальной школе.

В 1742 году вышел в отставку. В том же году был откомандирован в Финляндии сопровождать русскую армию, принимавшую участие в русско-шведской войне.

Гербер вёл переписку с известными учёными того времени: голландским врачом и ботаником Адрианом ван Ройеном (1704—1779) и швейцарским анатомом, физиологом и ботаником Альбрехтом фон Галлером (1708—1777); Гербер написал последнее письмо Галлеру за неделю до смерти — 1 февраля 1743 года.

Сведения о том, что копии рукописей Гербера Flora Volgensis и Flora Tanaicensis находились в библиотеке знаменитого Карла Линнея, имеются в диссертации, которую в 1766 году защитил в Уппсальском университете ученик Линнея Александр Карамышев.

Скончался Трауготт Гербер в Выборге 8 февраля 1743 года.