Род Апраксиных вёл своё происхождение от Салахмира, татарского мурзы, который в 1371 году выехал из Орды и обосновался в Рязани. Его потомки в конце 15-го века переехали в Москву, где стали служить царю Ивану III.

Когда по прошествии Смутного времени на московском троне воцарилась династия Романовых, Апраксины уже были в известности и в славе. Жена царя Фёдора Алексеевича, царица Марфа, была из рода Апраксиных. Начиная с 1682 года стольник Фёдор Апраксин приблизился к Петру I и стал ему другом и доверенным лицом.

Благодаря Петру Фёдор Апраксин стал губернатором в Архангельске. Архангельск был тогда единственным портом, через который Россия торговала с Европой. Это было не окно, прорубленное на Балтике гораздо позже, а полноценная дверь.
Апраксин основал в Архангельске верфи, где строили торговые и военные суда. Будучи первоначально человеком абсолютно сухопутным, за четыре года — с 1693 по 1696 — он стал опытным моряком, едва ли не самым опытным в окружении царя, который пока ещё в Голландию корабельному делу учиться не ездил. Поэтому в 1700 году, когда был завоёван Азов, Апраксин стал управлять и захваченным Азовским краем, и Адмиралтейским приказом, строившим на верфи в Воронеже корабли для Азовского флота.

Но с завоеванием южных морей у Турции у Петра I случился большой конфуз, после которого он начал Северную войну со Швецией. Эта война продолжалась более 20 лет (1700 — 1721 годы). Поэтому с 1708 года Ф. М. Апраксин перебрался на Балтийское море, где ему пришлось воевать и на море, и на суше. Апраксин смог отбить нападение шведского флота на остров Котлин, где уже была возведена крепость Кроншлот (сейчас она называется Кронштадтом).

В 1710 году Апраксин возглавил поход русских войск на Выборг, командовал осадой этой крепости и смог её взять. В 1714 году русский флот под командой генерал-адмирала графа Апраксина одержал свою первую победу над шведами в морском бою у мыса Гангут.

В 1718 году Ф. М. Апраксин возглавил российское военно-морское ведомство, Адмиралтейств-коллегию. Во время похода русской армии в Персию в 1722 — 1723 годах Апраксин командовал Каспийской флотилией. Каспийское море по сложности навигации в нём превосходит Балтику. В этом российские моряку убедились, совершив нелёгкий переход до Дербента от Астрахани.

После смерти Петра I адмирал Апраксин продолжал командовать Балтийским флотом, а также занимал ряд высших государственных должностей.

Умер он 10 ноября 1728 года в Москве.