Чарльз Макинтош родился в Глазго в семье известного красильщика. Рано заинтересовался наукой. В 1786 году начал работу на химической фабрике, а в 1797 году открыл собственное производство, первую в Шотландии фабрику квасцов. Вместе с Чарльзом Теннантом изобрёл отбеливающее средство для тканей (хлорную известь). Также изобрёл процесс восстановления оксидов железа монооксидом углерода. До изобретения бессемеровского процесса это был наиболее быстрый,процесс получения стали, однако, не получивший распространения.

В 1828 году он помогал внедрить в доменный процесс дутьё горячим воздухом, что делало процесс более эффективным. Аналогичный метод был позже внедрён в металлургическое производство Эдуардом Каупеом. 

Пытаясь найти применение продуктам перегонки угля, Макинтош использовал нафту, побочный продукт этой перегонки, в качестве растворителя каучука. Следующим шагом была идея склеивать одежду из кусков ткани, пропитанной этим составом. В 1923 году Макинтош решил проблемы, возникавшие из-за сильного запаха резины, и получил патент на непромокаемый плащ. Производство плащей «Макинтош», пользовавшихся большим спросом, началось в 1836 году.

В 1823 году за большие достижения в области химии был избран членом Королевского общества (британский аналог Академии наук в других странах).

Скончался 25 июля 1843 года.