Родился в городе Монпелье, где жил и работал большую часть жизни. Монпелье — старинный город, который уже в те времена был важным коммерческим и образовательным центром. Университет Монпелье – один из старейших во Франции. Он был основан в 1289 году. Медицинская школа университета притягивала к себе студентов со всей Европы. Там учились многие знаменитые медики и ботаники, в том числе Леонхарт Фукс, которого считают отцом ботаники.В конце жизни Маньоль стал профессором ботаники и директором Королевского ботанического сада в Монпелье.  В течение непродолжительного времени занимал кресло академика в Королевской академии наук в Париже.

Имеют большое значение работы Маньоля по ботанической систематике. Он первым ввёл в употребление категорию семейства и одним из первых пытался разработать естественную классификацию растений.

Пьер Маньоль происходил из семьи аптекаря. Не будучи старшим сыном, он не унаследовал аптеку и решил стать врачом. С юности Пьер интересовался натуральной историей и, в особенности, ботаникой, что было довольно обычно для сына аптекаря и будущего врача, поскольку в те времена изучение ботаники и медицины были нераздельны. Ведь  практически все лекарства изготавливались из растений. 19 мая 1655 года Пьер был зачислен на медицинский факультет Университета Монпелье.

Университет Монпелье был первым университетом во Франции, в котором появился ботанический сад, подаренный в 1593 году королём Франции Генрихом IV для помощи в изучении медицины и фармакологии. Благодаря университету город Монпелье можно было по праву назвать одной из ботанических столиц мира. Пьер Маньоль получил степень доктора медицины 11 января 1659 года, после чего погрузился в изучение ботаники.

С 1659 года он совершил ряд поездок по Лангедоку, Провансу, Альпам и Пиренеям. В 1687 году Маньоля приняли в ботанический сад Монпелье на должность демонстратора растений. В 1693 году он получил титул доктора королевского двора, а в 1694 году — кафедру профессора медицины в Университете Монпелье.