Нидерландский ботаник, сын историка Исаака Коммелина. Ян стал профессором ботаники, в то время, когда в Нидерланды были завезены многие растения из Капской провинции и с острова Цейлон. Вследствие этого было необходимо изменить принятую систематику растений. Руководил обустройством нового ботанического сада в Амстердаме Hortus Medicus, позже ставшего Hortus Botanicus. Источником заработка Коммелина была продажа лекарственных трав и собственно лекарств аптекарям и больницам в Амстердаме и других голландских городах.

Его племянник Каспар Коммелин (1667-1734) впоследствии стал директором амстердамского ботанического сада. В честь Яна и Каспара Коммелинов был назван род растений коммелина