В 1900 году московский меценат Алексей Викулович Морозов, представитель знаменитой купеческой династии Морозовых, принял решение о строительстве больницы для детей из малоимущих слоёв населения. Средства на строительство в размере 400 тысяч рублей ему завещал отец, предприниматель Викула Елисеевич Морозов, чьё имя впоследствии получила больница. Закладка больницы состоялась 26 августа 1900 года. Во избежание перекрёстного заражения под каждую инфекцию строился отдельный павильон с жилыми помещениями для нянь и фельдшеров-надзирательниц.

В 1902 году, в разгар строительства, начала работу амбулатория больницы: в ней ежедневно принимали до 500 детей. Были оборудованы операционная, прививочный кабинет для вакцинации от оспы, лаборатория, аптека и библиотека медицинской литературы. В 1903 году открылись корпуса для больных дифтерией, скарлатиной и смешанными инфекциями.

В 1906 году строительство всего больничного комплекса было завершено. Он включал в себя 9 лечебных корпусов, жилые корпуса для персонала, часовню, хозяйственные постройки. Также заработали хирургическое отделение и неотложная помощь. Ведущие врачи больницы — Тимофей Краснобаев, Владимир Колли, Борис Эгиз — занимались обучением молодых специалистов и руководили их медицинской практикой. Сёстры милосердия из общины «Утоли моя печали» работали в качестве младшего медицинского персонала