Особо охраняемая природная территория в России. Расположен на территориях Череповецкого района Вологодской области и Брейтовского района Ярославской области.
Заповедник был организован 18 июля 1945 года специально для изучения изменений в дикой природе после постройки Рыбинской ГЭС и образования Рыбинского водохранилища в 1941 году. Заповедник был назван Дарвиновским, поскольку в советское время английский естествоиспытатель и основоположник эволюционной теории Чарльз Дарвин был сделан настоящей иконой диалектического материализма.
С 2002 года заповедник включён во Всемирную сеть биосферных резерватов.